Сюжет «Матрица: Революция» стартует сразу после окончания предыдущего фильма. «Навуходоносор» уничтожен, так же как и большая часть людских кораблей, выжить удалось немногим. В Зеоне люди готовься к последнему бою с машинами, которые подходят все ближе и ближе к городу. Нео находится в состоянии комы, и врачи не в силах ему помочь. Неожиданно с Морфеусом связывается помощник Пифии, с сообщением, что если они хотят спасти Нео, то они должны встретиться с ним. При встрече он сообщает Морфеусу и Тринити что Нео находятся в матрице, и они должны помочь ему выбраться из нее.